Situata nell'angolo nord est della Sicilia, sulla sponda occidentale dello Stretto di Messina (Mar Ionio)— altitudine 3 metri s.l.m. — ha una superficie comunale di 211,23 km².

A circa 90 km da Catania e 220 km da Palermo, stretta tra le coste ionica e tirrenica ed i monti Peloritani, si affaccia con il suo grande porto naturale (militare e commerciale), chiuso dallapenisoletta a forma di falce di San Raineri, di fronte a Villa San Giovanni e poco più a Nord rispetto a Reggio Calabria. Capo Peloro, nella zona nord della città, è invece dirimpettaio a Scilla. In queste acque è localizzato il mito di Scilla e Cariddi, i cui gorghi sono paragonati alla pena delle anime dell'inferno che girano in tondo e si urtano in eterno.

 

La città si sviluppa prevalentemente in senso longitudinale lungo la costa dello Stretto senza soluzione di continuità da Giampilieri Marina a Capo Peloro per 32 kilometri nella fascia jonica. La fascia tirrenica, di 24 km, si estende da Capo Peloro a Orto Liuzzo. L'area urbana centrale, che può essere racchiusa tra i torrenti Annunziata e San Filippo — oggi coperti dal piano stradale, — è lunga circa 12 km, con scarsa propensione verso ovest dovuta ai contrafforti collinari dei Peloritani, che impediscono lo sviluppo di un ampio reticolato urbano geometrico in detta direzione. L'estrema vicinanza dei monti conferisce alla parte occidentale della città una certa pendenza, superata con scalinate e attraversata dalla panoramica circonvallazione a monte. Sono presenti numerose "intrusioni urbane" verso l'interno collinare in corrispondenza delle brevi pianure dei torrenti, che tendono a inglobare come quartieri alcuni dei più antichi casali del territorio cittadino (i cosiddetti "Villaggi", che sono 48).

Messina è al centro di una zona agricola, con la produzione di agrumi (tra cui il limone Interdonato, l'arancio, il mandarino e il mandarancio o clementina), frutta, ortaggi e dei vini D.O.C. Faro e Mamertino. La città è sede universitaria dal 1548, dell'Arcidiocesi Protometropolitana di Messina - Lipari - Santa Lucia del Mela ed Archimandritato del Santissimo Salvatore e di un'antica Fiera Internazionale. Il porto è anche sede di un antico Arsenale militare e di cantieri navali civili