L'Alcantara nasce dai Nebrodi a circa 1.400 m dalla Serra Baratta in Provincia di Messina. Dirigendosi impetuoso verso sud entra in Provincia di Catania giungendo in breve nella parte Nord della cittadina di Randazzo: qui muta bruscamente direzione grazie alla "spinta" del suo principale affluente di destra: il fiume Flascio. Rimpinguato notevolmente nella portata dall'affluente l'Alcantara si dirige verso est compiendo praticamente un angolo retto (è da precisare che sulle carte il fiume principale parebbe essere addirittura il Flascio e non l'Alcantara tanto è netto l'angolo di confluenza). Da qui il fiume prende a scorrere tra il massiccio di origine vulcanica del monte Etna a sud e i contrafforti meridionali dei monti Nebrodi e Peloritani a nord, fungendo sino alla foce da confine tra le province di Messina e Catania. Dal comune di Moio Alcantara in poi il fiume inizia a scorrere per lo più incassato, lambendo i centri di Francavilla di Sicilia e Castiglione di Sicilia.

 

Presso Motta Camastra in località Fondaco Motta, dopo aver ricevuto da sinistra il torrente Zavianni, il fiume si inforra in un tratto ingolato costituito da lave basaltiche, vecchie di 300.000 anni, delle fessurazioni pre-etnee, le cosiddette Gole dell'Alcantara, meta assai celebre e frequentata ogni anno da migliaia di turisti. Da Gaggi fino versoCalatabiano il fiume amplia l'alveo per tornare a restringersi in prossimità della foce, nel territorio di Giardini-Naxos, dove solcano le campate del famoso ponte di origine islamica Al qantarah (il ponte ad arco), dal quale derivò il nome di questo corso d'acqua. La foce avviene nel Mar Ionio e precisamente in loc. San Marco.

 

Tra i comuni attraversati ci sono:Floresta, Santa Domenica Vittoria, Randazzo, Mojo Alcantara, Castiglione di Sicilia, Francavilla di Sicilia, Motta Camastra, Graniti, Gaggi, Calatabiano, Taormina e Giardini Naxos.

 

Il territorio attraversato dal fiume Alcantara è di particolare importanza in virtù della sua morfologia creata proprio dallo scorrimento delle acque che lo hanno modellato ed inciso creando, nell'attraversamento di un'imponente serie di colatelaviche, in località Fondaco Motta (comune di Motta Camastra) delle suggestive e profonde gole a strapiombo, conosciute come le Gole dell'Alcantara. Insieme ad uno spettacolare succedersi di laghetti e di cascate, di acque freddissime, è possibile osservare le stupefacenti strutture laviche colonnari a base prismatica. Disposte a canne d'organo esse decorano per lunghi tratti le pareti di roccia basaltica. Grazie allo studio di tali strutture i geologi hanno potuto elaborare precisi studi sull'evoluzione del vulcano Etna e sulla successione nel tempo delle sue colate più imponenti. Inoltre il fiume nel suo tracciato divide le provincie di Catania e Messina.